蘑菇发苦的原因可能有两个，分别是蘑菇自身就带有苦味或者在环境因素的影响下，发生了变化而产生苦味。

一般发苦的蘑菇大部分都属于药用菌，比如猴头，灵芝等。氨基酸有甜味的，但也有苦味的，比如苦瓜中的氨基酸。所以所吃的蘑菇发苦，可能氨基酸的苦味。由于，在烹制以前，子实体早已释放出来灵芝孢子粉了，因此会有苦味。

有苦味也有可能表明菌类霉变发霉，但不可以证实是有毒的蘑菇。霉烂掉的菇不必服用，防止食物中毒。也或者是酱油放多了，因为一般蘑菇是不会有苦味的。